La fosfatasa alcalina es una hidrolasa con muy poca especificidad de sustrato. Se encuentra presente en casi todos los tejidos del cuerpo, especialmente, en epitelio intestinal, túbulos renales, hueso, hígado y placenta. Su localización celular es la membrana. Los individuos de los grupos sanguíneos B y O secretores tienen la isoenzima intestinal aumentado en sus sueros.
La fracción hepática es termoestable, en cambio, la fracción que proviene del hueso, sistema reticuloendotelial y vesicular, es termolábil. Las isoenzimas se diferencian por su estructura molecular, La actividad sérica de la fosfatasa alcalina hepática está inducida por una síntesis “de novo” en el hepatocito, vinculada al proceso hepatobiliar y su separación de la membrana celular del hepatocito por medio de una fosfolipasa D, produce el aumento en circulación. La actividad sérica de fosfatasa alcalina ósea, en condiciones normales, alcanza su mayor actividad en los niños en edad de crecimiento (llegando a triplicar los niveles del adulto) debido a que esta isoenzima se localiza en los osteoblastos (relacionados con la calcificación y formación de estructuras óseas).